Das Deutsche DRG-System definiert die Hauptdiagnose in den deutschen Kodierrichtlinien (Version 2019) als „die Diagnose, die nach Analyse als diejenige festgestellt wurde, die hauptsächlich für die Veranlassung des stationären Krankenhausaufenthaltes des Patienten verantwortlich ist“. Dabei muss es sich nicht zwangsläufig um die Aufnahmediagnose oder die Einweisungsdiagnose handeln. Maßgeblich ist vielmehr die Auswertung aller Befunde am jeweiligen Ende des Krankenhausaufenthaltes und die daraus folgende Bestimmung derjenigen Krankheit, die für den stationären Aufenthalt ursächlich gewesen ist.
Der Bestimmung der jeweiligen Hauptdiagnose kommt – in medizinischer Hinsicht – lediglich eine untergeordnete Bedeutung zu und wird primär für die korrekte Berechnung der Krankenhausvergütung herangezogen.